基神設有13種不同的學位認證，讓每一位學生都能選擇適合自己的課程。
本課程提供教會及機構同工進修機會，使學生透過資深教師的教導及學生之間的交流，屬靈生命得以進深，領導能力得以增長，牧養教導得以加強，治會理念得以更新，並對所從事的事工，在理論與實踐上經過探討與反省後，可以更有效地服事教會。
課程分為三部分：必修 8 學分、選修 24 學分、博士論文 8 學分，總共 40 學分。
本課程為有負擔於教導事奉、渴望在聖經和神學上更進一步的學生，或有意繼續攻讀博士學位的學生提供進深的訓練。課程內容涵蓋聖經研究、神學研究以及教學與講道能力等各個方面，學生可以從舊約、新約以及系統神學三個方向中擇一修讀。
本課程是為預備全職事奉者提供基本和全面的訓練。內容包括聖經研究、神學研究、事奉技巧及操練。除課堂學習外，學生須接受學院安排的屬靈操練，及參與實習工作四學期。
本課程旨在裝備學員日在教會教導神學和聖經，並日後可以在聖經方面作進深研究。
本課程是為預備全職或帶職事奉者提供基本的訓練。課程內容著重實踐及聖經科目﹐並分為四項主修﹕教牧事工﹑家庭事工﹑兒童事工﹑宣教事工。學生須接受學院安排的屬靈操練，並參與實習工作二學期。
基督教聖工碩士網路課程是為遠距離同學設計的﹐其課程和學位與以上校本部的基督教聖工碩士課程相同。不同之處在於網路課程分為三學期: 春季、夏季、秋季，都是網路授課。聖工碩士網路課程沒有專業方向科目的要求，修讀本學位的同學只是需要任意選修 4 個學分的實用選修科目。以下是 2022 至 2025 學年的課程表。
CWTS 旨在培養裝備良好的基督教聖工碩士畢業生，他們：
在傳道、教導、輔導、教會領導等實踐和事工技能方面具備基礎知識和中等水平的熟練程度，並且藉專攻某一事工領域，使他們能夠在各種事工環境中有效地服務。
本課程的目的是為信徒提供核心的基督教信仰和思想的基礎神學教育。學生可透過不同上課方式（網路、Zoom、實體）完成學位。學生須接受學院安排的屬靈操練，及參與實習事奉一學期。
註：入學條件與其它碩士學位相同，但只需要一封推薦信。海外學生只能通過網路修讀此學位，不能獲得F1學生簽證。
本課程是為有志全職或帶職事奉，但又未能全時間修讀學位的信徒而設的基礎訓練，全時間修讀者通常於一年內完成。課程全部學分可轉至本院碩士學位課程。
本課程為平信徒領袖提供訓練，裝備他們在教會裡擔任長執、團契導師等職事。課程全部的學分可轉至本院碩士學位課程。
培育中心目前開設四個方向的證書課程：基督工人證書、兒童事工證書、家庭事工證書、宣教事工證書。 我們鼓勵您按照神的呼召，結合自己的恩賜和服事需要，選擇相應的課程方向，您可以隨時註冊加入，每個證書的課程皆會循環進行，循環週期約為 18 個月。
基督工人神學院的證書培訓項目始於 20 世紀 90 年代，1997 年開始，學院為滿足教會眾多信徒渴慕的心，開設了神學教育延伸課程（Theological Education Extension Program, 簡稱 TEE），課程分為粵語和國語兩種，共計 12 門課程，TEE 項目不僅在北加州灣區為本地教會信徒提供裝備，也在紐約、波士頓、弗吉尼亞等地設立分校園，二十年間，與教會一同培育了大量的優秀信徒領袖。
2018 年起，學院設立基督工人神學院培育中心（Ministry Institute, 簡稱 MI），提供更為系統深化的證書課程，並分設基督工人、兒童事工、家庭事工和宣教事工四類證書課程，旨在更好地滿足世代和教會的需求，以聖經真理及事奉動力裝備願意信徒領袖，成為合神心意的聖工人才。
