基神設有一教牧博士學位課程，四碩士學位課程(神學、道學、聖經研究、教牧)，二文憑課程(基督教研究、教會領袖)，及一證書課程(教會兒童事工)。修讀的學分及完成的年數如下。

本院現設有

一個博士學位課程：

課　程	時　間	學　分
教牧博士	四至六年	40

五個碩士學位課程：

課　程	全時間修讀所需時間	學　分
1  神學碩士	二年	30
2  道學碩士	三年	90
3  聖經研究碩士	二年	60
4  教牧碩士	二年	60
5  教牧碩士(網路課程)	三年	60

文憑課程：

課　程	全時間修讀所需時間	學　分
1  基督教研究文憑	一年	30
2  教會領袖文憑	一年	30

證書課程：

課　程	時　間	學　分
1 教會兒童事工證書	二年	24

申請碩士學位或文憑課程者，須具學士學位或同等學歷。