基神設有一教牧博士學位課程，五碩士學位課程(神學、道學、聖經研究、基督教聖工碩士、基督教聖工碩士-網路課程)，二文憑課程(基督教研究、教會領袖)，及培育中心證書課程。修讀的學分及完成的年數如下。

本院現設有:

一個博士學位課程：

課　程	時　間	學　分
教牧博士	三至六年	40

五個碩士學位課程    *：

課　程	全時間修讀所需時間	學　分
1. 神學碩士	二年	30
2. 道學碩士	三年	90
3. 聖經研究碩士	二年	60
4. 基督教聖工碩士	二年	60
5. 基督教聖工碩士(網路課程)	三年	60

文憑課程    *：

課　程	全時間修讀所需時間	學　分
1. 基督教研究文憑	一年	30
2. 教會領袖文憑	一年半	30

培育中心證書課程：

課　程	學　分
1. 基督工人證書	20
2. 家庭事工證書	16
3. 兒童事工證書	16
4. 宣教事工證書	16

*申請碩士學位或文憑課程者，須具學士學位或同等學歷。

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