基神設有一教牧博士學位課程，五碩士學位課程(神學、道學、聖經研究、基督教聖工碩士、基督教聖工碩士-網路課程)，二文憑課程(基督教研究、教會領袖)，及培育中心證書課程。修讀的學分及完成的年數如下。
本院現設有:
一個博士學位課程：
細節
教牧博士
三至六年
40
五個碩士學位課程 *：
1. 神學碩士
二年
30
2. 道學碩士
三年
90
3. 聖經研究碩士
60
4. 基督教聖工碩士
5. 基督教聖工碩士(網路課程)
文憑課程 *：
1. 基督教研究文憑
一年
2. 教會領袖文憑
一年半
培育中心證書課程：
20
2. 家庭事工證書
16
3. 兒童事工證書
4. 宣教事工證書
*申請碩士學位或文憑課程者，須具學士學位或同等學歷。
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