一九六四年春，于力工牧師和一些信徒領受了為神國度訓練工人的異象，這異象到一九七三年得以初步實現。第一年有五位學生，借用柏克萊福音教會上課，並於三藩市灣區一些教會中實習。一九七六年，神感動一位弟兄，購買了一座柏克萊市的公寓奉獻給主，作為學院事工及學生宿舍之用。

一九七八年，本院獲得美國加州教育廳批准立案，為一私立專上教育機構，取名「基督工人神學院」（以下簡稱「基神」），又於一九八四年，由加州教育廳批准頒發學士與碩士學位。目前本院獲加州政府私立專上教育部門批准訓練教牧人士。

在美國聯邦法律授權下，「基神」可招收國外學生。

過去逾三十九年，本院蒙主賜福，造就了不少主的工人，在各地事奉神，並且在師資、課程、院舍、學生素質等方面力求進步。一九九六年夏，「基神」遷至東灣之康科德 (Concord)，二零零九年一月，暫遷至南灣苗必達市 (Milpitas) ，並於二零一零年一月遷至聖荷西市 (San Jose)，校舍更為寬敞，設備更加完善。課程方面，現有教牧學博士學位課程、三個碩士學位課程、兩個文憑及兩個證書課程。老師方面，現有專任教授七位、客座教授十多位。學生來自中國、香港、台灣、東南亞、北美及世界各地。除訓練全職教牧人員外，學院也致力信徒領袖訓練。自二零零四年九月開始，本院加設部份時間的碩士及文憑課程。此外，本院於灣區及外州不同地點設有延伸課程中心，一併推動「信徒神學證書課程」。

「基神」於二零零四年六月獲「美加神學院校協會」（ATS）接納為副會員（Associate Member），於二零一四年六月取得該協會之正會員及認證的候選資格，二零一六年六月上旬獲取正會員身份，本院教牧博士及碩士課程今獲正式認證。

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